O cientista excêntrico Rintarou Okabe tem uma sede interminável de exploração científica. Juntamente com seu amigo mal-intenitado Mayuri Shiina e seu colega de quarto Itaru Hashida, Rintarou funda o Future Gadget Laboratory na esperança de criar inovações tecnológicas que desconcertam a psique humana. Apesar das reivindicações de grandeza, o único "gadget" notável que o trio criou é um micro-ondas que tem o poder mistificador de transformar bananas em gossificas verdes. No entanto, quando Rintarou decide participar da conferência do neurocientista Kurisu Makise sobre viagens no tempo, ele experimenta uma série de eventos estranhos que o levam a acreditar que há mais no gadget "Phone Microwave" do que parece. Aparentemente capaz de enviar mensagens de texto para o passado usando o microondas, Rintarou se envolve ainda mais com a "máquina do tempo", atraindo a ira e a atenção da misteriosa organização SERN. Devido à descoberta do romance, Rintarou e seus amigos se encontram em um perigo sempre presente. Enquanto ele trabalha para mitigar os danos que sua invenção causou à linha do tempo, ele não está apenas lutando uma batalha para salvar seus entes queridos, mas também contra sua sanidade degradante.
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